Отделение химиотерапии является структурным подразделением больницы. Отделение открыто в 2004 году и в настоящее время развернуто  на 50 коек и 1 койка дневного стационара.
Заведующий отделением: Войтова Инна Валентиновна – врач высшей категории
 
Врачи ординаторы отделения:
Сайменова Махаббат Бахитжановна – врач первой  категории;
Задорожная Вера Александровна – врач  второй категории.
Аркеева Адия Сарыбаевна – врач химиотерапевт;
Савинова Юлия Сергеевна- врач  первой категории
 
Старшая медсестра отделения – Койшибаева Сауле Капановна – медсестра высшей категории.
 
Химиотерапия злокачественных опухолей – это использование с лечебной целью лекарственных средств, тормозящих деление или необратимо повреждающих опухолевые клетки. Термин «химиотерапия опухолей» в широком смысле отражает все виды медикаментозного лечения новообразований, связанного с влиянием фармакологических средств непосредственно на опухоль.
Ежегодно в отделении химиотерапии получают  курсы химиотерапии с различными злокачественными заболеваниями, а именно больные:
раком легкого, молочной железы, желудка, толстого кишечника и прямой кишки,  раком пищевода, раком яичников, шейки матки, эндометрия, мочевого пузыря, раком яичка, саркомами мягких тканей и костей,  меланомой, опухолями головного мозга, лимфогранулемазом,  Неходжскинскими лимфомами и прочие. Проводится также гормонотерапия, иммунотерапия, таргетная терапия злокачественных опухолей.  Курсы химиотерапии проводят с лечебной и профилактической целью.
Лечение химиопрепаратами, гормональными,  таргетными препаратами, иммунотерапия проводятся согласно  международным стандартам. Онкологические больные обеспечиваются всеми необходимыми цитостатиками бесплатно.  Ведется наблюдение за динамикой лечения, эффектом терапии,  корректируются побочные эффекты  и реакции на введение химиопрепаратов. Ежегодно арсенал химиотерапевтических препаратов пополняется новыми противоопухолевыми средствами, разработанными в мире, внедряются новые методы лечения и введения химиопрепаратов.