Организационно – методический отдел является структурным подразделением больницы. Основная цель организационно – методического отдела является  обеспечение своевременной, достоверной и качественной статистической информацией об онкологической службы Костанайской области. Отдел осуществляет свою деятельность во взаимодействии со всеми структурными подразделениями больницы и медицинскими организациями Костанайской области.
 
Возглавляет подразделение: Султанова Айгуль Куандыковна, заместитель Главного  врача по организационно – методической работе.

Структура подразделения (Врачи:):

Абрахманова  Диана Сабыржановна
Мухаметсафина Асель Алимжановна
Жасубиева Айнур Сагынтайкызы
Валтер Алла Романовна

Старшая медсестра подразделение:
Байтасова Куляш Хамитовна