Костанайский областной онкологический диспансер был открыт в августе 1959 года в приспособленном помещении барачного типа, где изначально велся только амбулаторный прием онкологических больных и диспансерное наблюдение.
В 1969 году областному онкологическому диспансеру передается здание по ул. Социалистическая,2, построенное для НИИ сельского хозяйства. На новых площадях развернулись новые отделения: хирургическое на 60 коек, впоследствии на 75, гинекологическое на 40 коек и радиологическое вначале на 6, затем на 40 коек.
В 1989 году вводятся в строй новый хирургический корпус и типовой пищеблок. Хирургическая служба расширяется до 180 коек и специализируется: торакальная онкология - 40 коек, абдоминальная онкология- 60 коек, общая онкология - 60 коек. Радиологическое отделение расширяется до 60 коек. Открывается анестезиологическое отделение с палатой интенсивной терапии на 6 коек. Продолжает работу гинекологическое отделение на 40 коек.
В 1990 году сдается в эксплуатацию еще один, 2-х этажный корпус. Открывается первое в Республике Казахстан отделение по уходу за тяжелобольными на 20 коек. В этом же году Костанайский областной онкологический диспансер, приказом Минздрава КазССР преобразован в Кустанайский межобластной онкологический центр, который обслуживал онкологических больных трех областей: Кустанайской, Тургайской и Северо-Казахстанской.
С 1997 года после очередного присоединения Тургайского региона к Костанайской области, онкологический центр вновь стал онкологическим диспансером.
С 1997 года начался заметный инновационный процесс в диспансере. Внедрены новые технологии диагностики и лечения больных такие, как применение онкомаркёров и эндохирургии. Большое развитие получила химиотерапия онкологической патологии, было создано отделение химиотерапии и коечный фонд стационара увеличен до 250 коек.
Впервые в истории здравоохранения области в 1999 г. был проведён сеанс телемедицины. 
В 2005 году диспансер оснащён новейшей диагностической и лечебной аппаратурой (ТЕРАГАМ - дистанционный гамма терапевтический аппарат, MULTI SOURCE – шланговый гамма аппарат для внутриполостных процедур, Близкофокусный Рентген аппарат для рентген терапии опухолей наружных локализаций, приобретён новый рентген аппарат Шумадзу Японского производства).
Для повышения финансово-экономической самостоятельности предприятия, без каких либо дополнительных ассигнований ГККП «Костанайский областной онкологический диспансер» в феврале 2012 реорганизовано в в юридическую форму государственного предприятия на праве хозяйственного ведения – КГП (коммунальное государственное предприятие).
В 2015 году в рамках программы развития онкологической помощи на 2012-2016 гг. в диспансер был поставлен 64-х срезовый компьютерный томограф.
В 2016 году ввели в эксплуатацию  6-ти этажное здание для размещения онкологической поликлиники, рассчитанной на 300 посещений в смену. Данная поликлиника полностью оснащена современным медицинским оборудованием.
В 2019 году Предприятие переименовано в соответствии с постановлением акимата Костанайской области  «О переименовании коммунального государственного предприятия «Костанайский областной онкологический диспансер» Управления здравоохранения акимата Костанайской области в коммунальное государственное предприятие  «Костанайская городская онкологическая многопрофильная больница»  Управления здравоохранения акимата Костанайской области от 9.10.2019г. № 425.
В настоящее время КГП «Костанайская городская онкологическая многопрофильная больница» является мощным современным специализированным учреждением, оснащенной необходимой диагностической и лечебной аппаратурой.
Ежегодно в поликлинике онкологического диспансера проходят обследование и лечение более 40000 больных, в многопрофильном стационаре на 260 коек ежегодно получают лечение более 5000 больных, которым проводится около 2000 сложнейших оперативных вмешательств. Лучевое лечение обеспечивается гамма-терапевтической аппаратурой.
 
 
Учредитель: Акимат Костанайской области
Орган государственного управления: ГУ «Управление здравоохранения акимата Костанайской области»
Юридический адрес: РК, 110010, Костанайская область, г.Костанай, ул. С. Кубеева, 2
Телефон/факс: 8(7142) 73-03-22, 
E-mail: onkodis@mail.ru