Абдоминальное отделение является структурным подразделением больницы. Отделение основано и функционирует с 1989 года и на сегодняшний день развернуто на 45 коек (в составе имеется торакальные, урологические койки, абдоминальные койки ). Заведующий отделением Тирикулов Эрнар Муратбаевич – врач высшей категории
Врачи ординаторы отделения: Хасенов Бахит Мурзакельдович – врач высшей категории; Жунусов Асхат Коныспаевич – врач первой категории; Мясников Георгий Кирилович – врач второй категории; Сулейменов Олжас Кенжебулатович – врач первой категории; Иманбаев Наурызбай Мақсотұлы – врач хирург.
Старшая медсестра отделения – Кусаинова Айтуган Кусмановна – медсестра высшей категории.
В отделении осуществляется весь спектр хирургической помощи онкологическим больным с поражением органов брюшной полости, органов грудной клетки, пищевода и мочеполовой сферы (за исключением гинекологической патологии). Ведущим методом является хирургический в сочетании с лучевым и химиотерапией.