Отделение  эндоскопии является структурным подразделением больницы, занимается проведением эндоскопических исследований в соответствии с профилем организации и лицензией  лечебного учреждения.
Заведующий отделением: Хиль Юлия Михайловна – врач высшей категории
 
Врачи ординаторы отделения:
Жайлебаев Ильяс Алыкпашевич – врач высшей категории
 
Старшая медсестра отделения – Моисеенко Александра Халеловна – медсестра первой категории
 
Эндоскопическое отделение организовано в мае 2001 года, до этого находилось в составе рентген-эндоскопического отделения.
Основной целью работы является выявление воспалительных, доброкачественных и ранних злокачественных заболеваний.
Ежедневно выполняется широкий диапазон эндоскопических диагностических исследований, включая эзофагогастродуоденоскопию, колоноскопию и бронхоскопию.
Отделение оснащено современными видеоэндоскопическими стойками Karl Storz и Olympus. Обработка эндоскопов осуществляется автоматическими моющими машинками от ведущих производителей с соблюдением принципов дезинфекции и стерилизации, что делает эпидемиологически безопасными обследования в нашем диспансере.